应用蛋白质组学探索2型糖尿病增殖期视网膜病变潜在生物标志物
To explore the potential biomarkers of proliferative diabetic retinopathy by plasma proteomics
摘要目的 利用同位素标记相对和绝对定量(isobaric tag for relative and absolute quantification,iTRAQ)蛋白质组学技术,分析糖尿病增殖期视网膜病变(proliferative diabetic retinopathy,PDR)患者与糖尿病无视网膜病变患者(diabetes patients without retina diseases,NDR)之间蛋白表达的差异,寻找PDR的候选血清标志物.方法 收集 2016 年至 2017 年首都医科大学附属北京同仁医院内分泌科住院的PDR患者 21 例,以及性别年龄匹配的NDR患者 21 例.患者血清样本混匀后提取蛋白,采用iTRAQ标记,并进行液相质谱-串联质谱检测(liquid chromatograph-mass spectrometer and mass spectrometer,LC-MS/MS)分析,筛选出差异蛋白行基因本体论(Gene Ontology,GO)数据库功能富集及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome,KEGG)通路显著性富集分析.对相对定量结果 进行独立样本t检验,通过差异倍数(fold change,FC)和P值判定蛋白表达量变化.结果 以差异倍数>1.2 倍(上/下调),P值≤0.05 为标准,筛选出差异蛋白 29 个,其中PDR组上调蛋白 8 个,下调蛋白 21个.通过对差异蛋白的GO功能显著性富集分析,结果 显示,差异基因的功能可分为生物过程、细胞组分和分子功能三个板块.差异表达基因功能涉及生物调节、细胞组成、细胞代谢过程、细胞结合和催化活性等方面.KEGG通路显著性分析显示,上调最为明显的血管紧张素转换酶(angiotensin converting enzyme,ACE)参与肾素-血管紧张素系统(renin angiotensin system,RAS)、肾素分泌等通路,上调蛋白——胰岛素样生长因子I(insulin like growth factor I,IGF-1)参与HIF-1、FoxO、mTOR、PI3K-Akt和AMPK等多条与代谢相关的信号通路.下调显著的蛋白——肌球蛋白 6(myosin-6)参与心肌细胞收缩和信号传导通路.结论 采用iTRAQ蛋白质组学分析显示,PDR患者与NDR患者存在多种蛋白表达差异,ACE、IGF-1和Myosin-6有望作为糖尿病视网膜病变候选血清诊断标志物,未来可能为PDR的诊断和治疗提供新的靶点.
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