口腔鳞状细胞癌与干燥综合征的交叉免疫基因预测分析

Prediction and analysis of cross immune genes between oral squamous cell carcinoma and Sjogren's syndrome

二维码有效期 120s

摘要目的通过生物信息学法筛选口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)与干燥综合征(Sjogren's syndrome,SS)在转录水平的交叉免疫基因(cross immune genes,CIGs)并分析免疫浸润状态,为OSCC在SS患者中的诊断和治疗提供科学依据.方法从GEO数据库下载OSCC和SS数据集,使用limma R软件包结合Venn图筛选OSCC和SS中的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),再与免疫基因数据集进行交叉筛选获得CIGs.采用最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归算法筛选核心CIGs.利用CIBERSORT R软件包分析浸润的免疫细胞类型及比例.结果从OSCC数据集中筛选出2 885个DEGs,从SS数据集中筛选出2 472个DEGs,交叉分析得到55个CIGs;经LASSO回归分析后二次交叉筛选出RASGRP3为潜在的核心CIGs,在OSCC和SS中表达均上调.另外,在OSCC和SS中,记忆CD4+T细胞、巨噬细胞和活化自然杀伤(natural killer,NK)细胞浸润均与RASGRP3相关.结论癌基因RASGRP3可作为OSCC和SS的潜在治疗靶点,并对二者的诊断具有参考价值;RASGRP3与浸润的NK细胞、巨噬细胞、CD4+T细胞等密切相关,为探索针对SS患者OSCC的免疫治疗策略提供新思路.

作者袁文思 ^[1] 吴亚珩 ^[2] 吴冬雪 ^[3] 周妍 ^[4] 学术成果认领

作者单位首都医科大学附属北京口腔医院口腔颌面外科,北京 100050 ^[1] 首都医科大学附属北京潞河医院教育处,北京 101100 ^[2] 首都医科大学附属北京妇产医院/北京妇幼保健院新生儿科,北京 100020 ^[3] 首都医科大学基础医学院生物化学与分子生物学系,北京 100069 ^[4]

关键词口腔鳞状细胞癌干燥综合征核心交叉免疫基因免疫细胞免疫浸润生物信息学分析 oral squamous cell carcinoma Sjogren's syndrome core cross immune genes immune cells immune infiltration bioinformatics analysis

分类号 Q7

栏目名称 基础研究

DOI 10.3969/j.issn.1006-7795.2024.06.014

发布时间 2024-12-25