换一批SHP-1基因在卵巢癌中的表达及其与患者预后关系生物信息学分析
Integrated bioinformatics analysis of SHP-1 expression in ovarian cancer and it significance for prognosis
摘要目的 采用生物信息分析方法探讨SHP-1基因在卵巢癌中的表达、信号通路和预后关系.方法 在癌症基因组图谱(TCGA)数据库中检索SHP-1基因,分析SHP-1基因在人实体肿瘤中的表达情况.应用相互作用基因/蛋白在线检索工具(STRING)建立SHP-1基因相互作用蛋白网络,并对网络中的基因进行本体论和KEGG信号通路富集.依据SHP-1基因在卵巢癌组织中的差异表达情况分为高、低表达组,对比高表达与低表达患者总生存(OS)和无疾病进展生存(DFS)是否存在差异.结果 在人体不同肿瘤组织中SHP-1基因mRNA表达水平存在一定的差异,在泌尿生殖系统肿瘤、睾丸癌和肺癌中表达水平较高,而在胶质瘤、前列腺癌和恶性色素瘤中表达水平较低.PPI网络中相关蛋白21个,相互作用连接118个,蛋白间平均关联度为11.2,区域聚类指数为0.807,蛋白网络富集显著(P＜0.001).SHP-1基因相关信号通路主要富集于EGFR相关信号通路、Tp53信号通路、Jak-STAT信号通路等.SHP-1基因主要突变形式为无意义突变、缺失突变和同义突变等.SHP-1基因高表达组患者OS(HR=0.95)和DFS(HR=0.85)均显著高于低表达组,但差异尚无统计学意义(P＞0.05).结论 SHP-1基因与卵巢癌患者的预后有关,高表达者生存期延长,可能成为卵巢癌患者预后较好的分子标志物.
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