换一批生物信息学方法探讨VPS72在肺腺/鳞癌中的表达及潜在作用机制
Expression and potential mechanism of VPS72 in lung adenocarcinoma/squamous cell carcinoma by integrated bioinformatics analysis
摘要目的 通过多种数据库分析空泡蛋白 72 同源物(VPS72)在肺腺/鳞癌中的表达水平、预后关系及潜在作用机制.方法 基于肿瘤基因组图谱(TCGA)的数据集结合TIMER数据库和R语言数据包分析VPS72 在肺腺/鳞癌的表达水平,Kaplan-Meier Plotter结合ROC曲线在线软件评估VPS72 的预后关系和诊断价值,采用STRING和LinkedOmics筛选VPS72 的互作蛋白和共表达基因,并通过 LinkedOmics 进行 GO/KEGG 功能富集分析,利用TIMER分析VPS72 的表达与免疫细胞浸润之间的相关性,通过TISIDB数据库分析VPS72 表达与不同免疫亚型的相关性.结果 VPS72 在肺腺/鳞癌中高表达,高表达VPS72 的肺腺癌患者总生存期明显缩短(P=0.01),但高表达VPS72 的肺鳞癌患者总生存期差异无统计学意义(P=0.17).PPI分析发现,VPS72 与H2AFZ、RUVBL1、DMAP1 等 10 个蛋白存在相互作用.功能富集分析发现,VPS72 主要参与剪接体和核糖体合成等过程.在肺腺癌中,VPS72 表达与多种免疫细胞(包括B细胞、CD8+T细胞、CD4+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞)浸润呈负相关;在肺鳞癌中,VPS72 表达与巨噬细胞和中性粒细胞呈负相关.在肺腺/鳞癌中,VPS72 表达与 6 种免疫亚型相关.结论 VPS72 在肺腺/鳞癌中表达显著增高,与肺腺癌的预后有一定的相关性,且参与了多种通路过程,与多种免疫细胞具有相关性,可能成为肺腺/鳞癌预后预测和治疗的新靶点.
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关键词
肺腺癌肺鳞癌空泡蛋白72同源物肿瘤基因组图谱免疫浸润Lung adenocarcinomaLung squamous cell carcinomaVacuolar protein sorting 72 homologThe cancer genome atlasImmune infiltration
分类号
R734.2（呼吸系肿瘤）
栏目名称
DOI
10.6040/j.issn.1671-7554.0.2022.1243
发布时间
2023-09-27（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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