摘要目的 分析 2021 年济宁市柯萨奇病毒A组 6 型(Coxsackievirus A6,CVA6)流行特点和全基因组特征,为手足口病的防控提供依据.方法 采用反转录实时荧光定量PCR(reverse transcription quantitative real-time PCR,RT-qPCR)法对 2021 年济宁市 11 县市区采集的手足口病病例样本进行CVA6 核酸检测;将CVA6 阳性样本接种到人横纹肌瘤细胞进行病毒的细胞培养,提取病毒核酸,并采用二代测序技术进行全基因组测序;采用MEGA 7.0.14、RNAfold、NetPhos 3.1、NetNGlyc 1.0 和GPS Lipid生物信息学软件进行相似性、构建内部核糖体进入位点(internal ribosome entrysite,IRES)二级结构、磷酸化位点、糖基化位点和脂酰化位点分析.结果 核酸检测结果显示,2021 年济宁市手足口病肠道病毒阳性病例中CVA6 占比为 35.79%(97/271).全基因组测序结果显示,3 株CVA6 与原型株Gdula的核苷酸同源性为 80.69%～80.95%,多聚蛋白氨基酸同源性为 94.83%～94.92%.生物信息学分析结果显示,在进化树上,3 株CVA6 均位于D3a进化分支,但位于不同的进化簇.与原型株Gdula相比,5'UTR的IRES区共发生了 7 处核苷酸变异,VP1 抗原表位发生了Q98L、G160S变异,VP1 受体结合位点发生了S194T变异,3D聚合酶活性位点发生了T308S、L342S和K346R变异.此外编码蛋白的磷酸化位点、糖基化位点和脂酰化位点均发生多处位点的变异.结论 2021 年济宁市手足口病病例中CVA6 是主要病原体,向适应宿主的方向进化,应加强对CVA6 的监测和防控.