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miR-210的红细胞系相关下游靶基因预测

Prediction of miR-210 erythroid cells-related downstream target genes

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摘要目的：利用生物信息学方法预测 miR-210的红细胞系（以下简称红系）相关下游靶基因。方法利用NCBI 比对分析 miR-210成熟序列在各哺乳动物之间的保守性。运用基因数据库筛选 miR-210的下游靶基因。采用 Cytoscape 中的 BINGO 插件对预测的 miR-210下游靶基因进行 GO 分类富集分析。筛选参与红系增殖、分化、凋亡的 miR-210下游靶基因，采用 DAVID 和 KEGG 数据库进行信号转导通路富集分析后，预测 miR-210的红系相关下游靶基因。利用 Targetscan 在线工具验证靶基因与 miR-210的相互作用关系。结果 miR-210成熟序列在多物种间具有高度保守性。筛选出416个与 miR-210相关性较高的预测靶基因，其分子功能集中在蛋白结合、离子跨膜运输活动、酶结合等，参与的生物学过程集中在细胞信号转导、突触传导等，参与构成的细胞组分主要有突触小泡、细胞质、细胞器等。筛选出26个与红系增殖、分化、凋亡密切相关的 miR-210下游靶基因，参与调控的信号通路主要集中于癌症信号通路、PI3K-Akt 信号通路等。初步确定 Smad3、Mapk10、Stat5a、Ywhag、Ctgf、Kitl6基因与红系增殖、分化密切相关，其中 Smad3、Mapk10、Stat5a、Ywhag、Kitl 可能受 miR-210的直接调控，Ctgf 可能受 miR-210的间接调控。结论初步筛选出 miR-210的红系相关下游靶基因 Smad3、Mapk10、Stat5a、Ywhag、Ctgf、Kitl6，这些靶基因可能与红系的增殖、分化有关。