换一批人巨细胞病毒耐药相关蛋白PUL97局部结构模拟和突变分析
Modelling of partial structure of human cytomegalovirus PUL97 protein and drug-resistant analysis of new non-synonymous mutations
摘要目的 初步探索人巨细胞病毒耐药相关蛋白PUL97局部序列(329-572aa)的三维模拟结构并进行突变的耐药分析.方法 采用巢式PCR方法扩增UL97基因776 bp片段并测序,以此发现非同义突变;然后利用SWISS-MODEL结构模拟综合服务器和其他相关软件比对模式对野生型PUL97蛋白片段进行同源模建并优化,通过各种指标或服务器来评估模拟结构的优劣并作筛选.将筛选所得的最佳模拟结构用于非同义新突变型的初步耐药分析.结果 最终筛选出的模拟结构是以1 YDTE为模板,以L1.FASTA为比对文件所得的Model A.整个分子的能量最低,ProQ的预测分数最高.分子对接分析也发现了潜在的ATP和GCV结合口袋.利用已知的阴阳性耐药点突变验证了该结构的合理性.同时根据突变前后结构信息的改变,提示C518Y单点突变以及联合突变(E517G和C518Y)呈现高度可疑的耐药特性.结论 PUL97野生型蛋白计算机结构模拟和突变分析法是初步评估新突变型耐药特性的又一方便快捷的方法,可用于实验验证前的筛选;但模拟结构本身的准确性是成功运用该方法的前提.
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关键词
人巨细胞病毒PUL97蛋白三维结构模拟突变分析human cytomegalovirusPUL97 protein3-dimensional structure modellingmutation analysis
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发布时间
2010-06-08（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
高等学校博士学科点专项科研基金（BXJ0813）
上海市科委重大基础研究项目（074119521）
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