运用耳聋基因隐性突变携带者重测序策略纠正假阳性变异的致病性误判

Correcting false-positive pathogenic categorization of benign variants by re-sequencing of the recessive deafness genes in carriers

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摘要目的·运用隐性突变携带者重测序策略发现并归类耳聋致病基因罕见良性变异,为遗传性耳聋的高通量二代测序结果解读提供良性多态参考数据库.方法·在已明确隐性耳聋基因双等位基因致病突变的耳聋患者的正常听力亲属中进行相应突变筛查,发现单杂合致病突变的携带者.运用靶向捕获二代测序技术在这些携带者中对相应耳聋基因进行外显子重测序,对所发现的对侧等位基因变异进行非致病性推断.结果·共30位正常听力的耳聋病例亲属被明确为某一已知耳聋基因隐性致病突变的杂合携带者.通过相应基因的靶向二代测序,在对侧等位基因上共发现32个非同义变异,在隐性完全外显的遗传模式下可被归类为良性非致病变异.其中SLC26A4基因p.A434T变异、LOXHD1基因p.R266Q变异、MYO15A基因p.K96Q变异、GJB2基因p.T123N变异及CDH23基因p.V1299I变异,共5个罕见变异等位基因频率小于0.005,部分变异被Polyphen-2、PROVEAN、SIFT或MutationTaster软件预测为致病突变,或被耳聋变异数据库或人类基因组突变数据库记载为致病突变.结论·运用隐性突变携带者重测序策略可有效纠正部分被误判为致病的罕见良性变异,提高二代测序在单基因隐性遗传病病因诊断中的准确性和有效性.