换一批人体脑组织福尔马林固定石蜡包埋样本中长链非编码RNA的提取及定量分析方法
Methodological research of RNA extraction and quantitative analysis of long non-coding RNA from formalin-fixed paraffin-embedded human brain specimens
摘要目的·比较脑组织新鲜样本和福尔马林固定石蜡包埋(formalin-fixed paraffin-embedded,FFPE)样本中RNA的质量,并分析长链非编码RNA (long non-coding RNA,lncRNA)的表达情况.方法·收集不同保存条件下的FFPE及成对新鲜脑组织,提取并检测RNA质量,运用实时定量PCR (RT-qPCR)分析各RNA指标的扩增效率和表达稳定度,筛选内参指标并对比不同扩增长度候选指标的△Ct值改变情况,以明确FFPE样本中lncRNA真实表达水平.结果·FFPE样本中RNA纯度相对较高,但完整性明显低于新鲜样本.所有指标均成功扩增,长链RNA的扩增效率与产物长度、样本处理方式、保存温度及保存时间有关,而5S、miR-9及miR-125b扩增效率均接近理想状态并在所有样本中稳定表达,适合作为内参指标.与新鲜样本相比,在4℃保存的FFPE样本中,只有HAR1F和MALAT1-L (＞200 bp)的△Ct值升高;在室温保存的FFPE样本中,多数指标的△Ct值显著增加,但是短扩增(＜60 bp)指标在所有样本中表达一致.结论·尽管处理方式和保存条件会影响组织RNA的完整性,但通过选择合适的扩增长度及内参指标,能够准确定量FFPE组织中lncRNA的表达水平.
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关键词
脑组织福尔马林固定石蜡包埋RNA质量扩增效率内参指标长链非编码RNAbrain tissueformalin-fixed paraffin-embeddedRNAqualityamplification efficiencyinternal reference markerlong non-coding RNA
分类号
R329（基础医学人体形态学）
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1674-8115.2018.04.008
发布时间
2018-06-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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