主动脉瘤单细胞转录组的系统性分析与探索
Systematic analysis and exploration of single-cell transcriptomes in aortic aneurysm
摘要目的·利用单细胞RNA测序(single-cell RNA sequencing,scRNA-seq)技术探究主动脉瘤(aortic aneurysm,AA)的单细胞图景.方法·通过系统性检索高通量基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO),收集所有符合纳入标准的数据集.使用R语言和Seurat软件包分析AA组织与正常对照组织的细胞构成占比变化;使用CellChat软件包通过细胞受体-配体对的基因表达水平评估细胞间相互作用;使用AUCell软件包依据SenMayo Senescence基因集进行细胞衰老程度评分并进行对比;通过将单细胞转录数据模拟为普通转录组数据,对周细胞进行差异基因筛选及基因通路富集分析.结果·共纳入9组数据集,经质量控制及合并后获得104 570个细胞的RNA计数数据,其中对照组48 311个、AA组56 259个.细胞被划分为19个簇,被注释为14种细胞类型.与对照组相比,AA组的周细胞比例显著降低(P<0.001),而单核/巨噬细胞和树突状细胞的数量占比显著上升(P=0.020,P=0.045).此外,AA组细胞相互作用多于对照组,但血管平滑肌细胞参与的相互作用减少,周细胞与自身相互作用的强度亦有所降低.对照组特有的细胞相互作用有5种,AA组特有的细胞相互作用有13种,其中相对信息流量最大的相互作用是SPP1.除脂肪细胞外,AA组其余细胞种类的衰老评分均显著升高(均P<0.001),衰老阳性细胞数量明显增加(P<0.001),其中成纤维细胞占比最大.周细胞差异表达基因分析结果显示,AA组相比对照组有185个基因表达上调、151个表达下调,上调幅度最大的基因为Spp1.趋化因子活动通路及CXC趋化因子受体结合通路等促炎作用通路显著富集.结论·AA组织中的细胞构成发生显著变化,细胞间相互作用增强,细胞衰老程度上升,Spp1是关键基因.
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