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ABCA7在结直肠癌中的临床价值及转录调控机制

Clinical value and transcriptional regulatory mechanism of ABCA7 in colorectal cancer

摘要目的·探讨ATP结合盒转运蛋白A7(ATP-binding cassette subfamily A member 7,ABCA7)基因在结直肠癌(colorectal cancer,CRC)中的预后评估价值,为CRC的精准诊断和个性化治疗提供新型分子标志物.方法·从肿瘤免疫单细胞数据库(Tumor Immune Single-cell Hub,TISCH)获取CRC的单细胞转录组数据,从基因表达综合(Gene Expression Omnibus,GEO)数据库下载GSM8594571样本的空间转录组数据(基于10x Genomics Visium平台),从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库提取TCGA-COAD和TCGA-READ项目的转录组数据.通过多组学整合分析策略,利用单细胞转录组数据解析ABCA7在不同细胞亚群的表达模式,结合空间转录组数据探究其在肿瘤及邻近组织中的空间分布特征;采用比例风险回归模型(proportional hazards model,Cox模型)评估ABCA7的预后价值;通过成簇规律间隔短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)敲除技术结合CERES算法验证其对CRC细胞增殖的影响;利用Cistrome数据库的ChIP-seq数据及Pearson相关性分析,构建ABCA7与转录因子锌指BTB结构域蛋白 33(zinc finger BTB domain-containing protein 33,ZBTB33)、核因子κB抑制因子(nuclear factor-κB-repressing factor,NKRF)的转录调控网络.结果·分析发现,ABCA7在CRC恶性细胞中显著高表达,尤其在Ki-67高表达的肿瘤组织中表达进一步上调,且肿瘤组织中ABCA7mRNA表达显著高于正常组织(P<0.05),具有一定诊断效能[受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积(area under curve,AUC)=0.686].敲除ABCA7可显著抑制 CRC细胞系(如C75、CL11)的增殖能力.ABCA7高表达组患者的总生存期(overall survival,OS)、疾病特异性生存期(disease-specific survival,DSS)和无进展生存期(progression-free interval,PFI)均显著缩短(均P<0.05).表观遗传分析显示,ZBTB33和NKRF可直接结合ABCA7基因调控区域,形成ZBTB33/NKRF-ABCA7转录调控轴,且三者在CRC中均显著上调表达(P<0.05).结论·ABCA7在CRC中高表达且与不良预后相关,ZBTB33/NKRF-ABCA7调控轴可能是驱动CRC进展的关键机制.

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