换一批摘要启动子是位于基因上游区域的特定DNA序列,通过识别和预测DNA序列中的启动子,可以更好地理解基因调控的机制,促进生物学和医学研究的进展.通过实验的方法来预测启动子既昂贵又费时,而通过计算方法进行启动子预测同样存在不足之处,如精度有待提升、序列编码方式所包含的信息量不足等.该文提出了一种新的编码方式,将预训练模型DNABERT应用于启动子预测的编码,并测试了使用不同深度学习模型进行预测的效果.实验结果表明,使用经过预训练和微调的DNABERT进行编码的Transformer模型在启动子预测任务中取得了较好的效果.
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分类号
Q811.4（生物工程学仿生学）
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1674-1242.2023.04.006
发布时间
2024-01-30（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（82150610506）
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