换一批摘要目的 初步探讨人乳腺癌lncRNAs基因表达谱的筛选.方法 在EBI数据库中的Array Express子数据库选取两组代表乳腺癌基因表达的基因芯片数据,从一组数据下载原始CEL数据文件,运用RMA(RobustMultichip Average)方法对原始CEL文件进行标准化及背景校正.得到乳腺癌与癌旁组织中的探针表达谱矩阵,将其与NetAffx注释文件结合.提取出RefSeq转录本ID和(或)Ensembl基因ID的探针集.对于Refseq ID的探针集,只保留那些NR者(代表非编码RNA).对于Ensembl基因ID的探针集,只保留注释为LncRNA,加工过的转录本或“misc_RNA”.对上述步骤得到的数据进行过滤,得到存在差异表达的lncRNA数量,将这一结果在另一组乳腺癌芯片数据中进行验证.结果 共筛选出表达差异显著且方向一致的18个LncRNA,其中2种LncRNAs表达明显上调,16种LncRNAs表达明显下调.结论 筛选出与乳腺癌相关的差异表达lncRNAs,为进一步研究其在乳腺癌中的作用奠定基础.
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分类号
R737.9（泌尿生殖器肿瘤）
栏目名称
DOI
10.16118/j.1008-0392.2015.06.006
发布时间
2016-01-23（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（81573008）
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