换一批基于TCGA数据库的肺癌和结直肠癌放疗后差异基因筛选、功能及通路研究
Screening and integrative analysis for differentially expressed genes in lung cancer and colorectal cancer after radiotherapy:a study based on TCGA data
摘要目的 筛选影响肺癌和结直肠癌放疗敏感性的相关基因及其通路,为患者实现精准放疗提供理论依据.方法 从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中筛选出肺癌和结直肠癌放疗患者,根据生存期是否超过3年分成两组,进而利用limma软件分析两组患者之间差异表达基因,筛选P＜0.05且差异倍数(fold-change,FC)＞1.5或FC＜0.67的基因并对其进行GO功能注释和KEGG富集、筛选差异表达基因,Kaplan-Meier plotter分析差异表达基因总体生存率.结果 从TCGA数据库中筛选出269个上调基因和211个下调基因.其中差异表达基因主要涉及细胞因子-细胞因子受体相互作用、Wnt信号通路、细胞色素P450对外来生物代谢的影响等生物过程.主要富集在上皮细胞增殖、细胞-细胞黏附的调节、体液免疫反应、对外界刺激反应的积极调节等功能方面.与生存期小于3年的患者相比,SFTPB(P=0.00011)、SFTPA2(P＜0.0001)基因低表达的患者生存曲线明显较好,而OLFM4(P=0.00011)、LGALS4(P＜0.0001)高表达的患者有更好的生存率.结论 SFTPB、SFTPA2、OLFM4和LGALS4可能是影响肺癌和结直肠癌放疗敏感的关键基因.
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分类号
R811
栏目名称
DOI
10.12289/j.issn.1008-0392.22205
发布时间
2022-09-15（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
上海市卫生健康委员会项目（20214Y0012）；
海军军医大学海狼军事医学课题（HL20JD2509）
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