结直肠癌患者血浆cfDNA检测方法的建立及临床应用评估

Establishment and clinical application evaluation of plasma cfDNA determination in colorectal cancer patients

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摘要目的建立基于下一代测序(NGS)平台的检测结直肠癌患者血浆循环游离DNA(cfDNA)的方法,并进行性能确认和临床应用评价.方法在NGS平台上构建测定结直肠癌患者血浆cfDNA的检测系统(简称结直肠癌cfDNA panel).对结直肠癌cfDNA panel的准确性、精确性、可用于抽提的最少样本量和投入量、分析灵敏度、分析特异性等性能指标进行评估.比较结直肠癌cfDNA panel与Miseq Dx二代测序平台及突变扩增阻滞系统(ARMS)(肿瘤组织样本)的一致性.结果结直肠癌cfDNA panel的准确性为99.97％,对预期突变的检出率为100％.可用于血浆抽提的样本起始量为1 mL,cfDNA投入量为10 ng,分析灵敏度为0.2％.10000 mg/L血红蛋白、500 mg/L胆红素或2％脂肪乳对结直肠癌cfDNA panel抽提无影响.结直肠癌cfDNA panel与Miseq Dx二代测序平台和ARMS(肿瘤组织样本)的一致性分别为94.12％和90.91％,结直肠癌cfDNA panel与Miseq Dx二代测序平台检测KRAS、NRAS、BRAF、PIK3CA的阳性符合率和阴性符合率分别为100％和99.60％.结论结直肠癌cfDNA panel的检测性能符合临床应用要求,且血浆cfDNA结果与肿瘤组织结果高度一致,可作为组织活检的有益补充.