换一批基于Illumina Novaseq 6000测序技术研究头花蓼不同入药部位转录组特征
Research on transcriptome characteristics of different medicinal parts of Polygonum Capitatum based on Illumina Novaseq 6000 sequencing technology
摘要目的:获取头花蓼茎、花和叶的转录组特征.方法:从头花蓼茎、花和叶中提取总RNA,质量检测合格后构建转录组文库.文库质检合格后,使用Illumina Novaseq 6000 测序平台进行测序,生成 150 bp的双端序列.随后,采用相关生物信息学方法分析其转录组特性.结果:共获取 122.11G clean data.经Trinity软件配对末端拼接与CD-HIT软件去冗余后得到 66 021 条unigene,平均长度为 1 358.84 bp.序列同源性比对分析表明,unigenes在 7 个数据库中注释的比对率为 90.82%～92.34%.已注释的unigene,可归入基因本体(GO)数据库分类的细胞组分、生物学过程、分子功能 3 大类 64 小类,涉及 133 条京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路,含有 15 条次生代谢产物生物合成通路.KEGG通路富集分析结果显示,头花蓼茎、花、叶三者之间两两比较,差异表达unigenes 主要富集于苯丙素生物合成途径和黄酮类生物合成途径.蛋白编码框序列 49 440 条.利用MISA软件预测出 16 643 条简单重复序列(SSRs).结论:利用高通量测序技术挖掘出头花蓼不同入药部位的功能基因组信息,为后续头花蓼基因功能鉴定及次生代谢产物生物合成途径解析和调控机制研究奠定理论基础.
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关键词
头花蓼Illumina Novaseq 6000测序技术不同入药部位基因表达次生代谢产物生物合成Polygonum capitatumIllumina Novaseq 6000 sequencingdifferent medicinal partsgenetic expressionsecondary metabolite biosynthesis
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DOI
10.16306/j.1008-861x.2025.03.003
发布时间
2025-08-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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