换一批
换一批基于加权基因共表达网络分析识别强迫症的基因表达模块和枢纽基因
Co-expression modules based on WGCNA and key genes related to obsessive-compulsive disorder
摘要目的 使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)识别强迫症的共表达模块和枢纽基因.方法 从基因表达数据库(GEO)下载GSE60190数据集,对15例强迫症患者和14名健康对照者的尸脑背外侧前额叶皮质(DLPFC)基因表达数据进行分析.通过WGCNA确定与强迫症相关的共表达模块,采用Metascape数据库对与强迫症相关的关键模块进行GO富集分析,采用STRING数据库构建关键模块的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,采用Cytoscape软件识别模块内的枢纽基因.结果 共识别9个强迫症基因共表达模块,模块特征基因值为168～2 676.绿色模块(MEgreen)与强迫症呈正相关(r=0.52,P校正=0.036).富集分析结果显示,MEgreen涉及多个生物过程,包括对类固醇激素的反应、对电离辐射的反应、活性氧生物合成过程的调节、横纹肌细胞分化的调节、ATP酶活性的调节、"从头"蛋白质折叠、蛋白质导入和微管细胞骨架组织等.PSMD12、PSMD1、CDKN1B、CDC34,SRSF1和CCT2基因为与强迫症相关的枢纽基因.结论 MEgreen和PSMD12、PSMD1、CDKN1B、CDC34、SRSF1及CCT2共6个基因,可能通过泛素系统、细胞周期、应激反应和类固醇激素反应等方面在强迫症发生和发展中发挥一定作用.
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关键词
强迫性障碍加权基因共表达网络分析功能富集分析蛋白质-蛋白质相互作用网络枢纽基因生物信息学分析Obsessive-compulsive disorderWeighted gene co-expression network analysisFunctional enrichment analysisProtein-protein interaction networkHub geneBioinformatic analysis
栏目名称
学术交流
DOI
10.3969/j.issn.1009-6574.2023.08.004
发布时间
2023-09-11
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