换一批动脉瘤性蛛网膜下腔出血后迟发性脑缺血的转录组学分析
Transcriptomic analysis of delayed cerebral ischemia after aneurysmal subarachnoid hemorrhage
摘要目的:基于基因表达数据库(GEO)运用生物信息学的方法分析动脉瘤性蛛网膜下腔出血(aSAH)后发生迟发性脑缺血(DCI)患者的差异表达基因及相关功能和通路.方法:从GEO数据库中筛选符合条件的患者mRNA数据集,将数据分为aSAH后发生DCI的患者组和未发生DCI的对照组,利用R软件进行差异表达基因(DEGs)分析、基因本体(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析以及基因集富集分析(GSEA),寻找关键基因及相关功能通路.结果:鉴定得到140个差异表达基因;KEGG分析显示,有10条差异有显著性的富集信号通路(P＜0.05),主要与低氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路、谷氨酸能突触、细胞粘附分子、趋化因子信号通路等相关;根据GO功能分析得到显著富集条目26个,涉及生物过程、细胞组分、分子功能3类条目;GSEA分析表明,细胞外基质受体相互作用以及过氧化物酶体两个通路在患者组与对照组之间具有显著的富集差异.结论:aSAH后DCI的发生涉及到COL17A1、RPL11、FCAMR、GNB2L1、HIF1A等多个基因,并可通过血管功能障碍、炎症反应、神经损伤、氧化应激等多种途径影响DCI的发生.
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关键词
GEO数据库动脉瘤性蛛网膜下腔出血迟发性脑缺血转录组学分析gene expression databaseaneurysmal subarachnoid hemorrhage(aSAH)delayed cerebral ischemia(DCI)transcriptomic analysis
栏目名称
DOI
10.16557/j.cnki.1000-7547.2024.03.009
发布时间
2024-08-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（82071481）
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