乌拉尔甘草TIFY基因家族鉴定及调控分析

Genome-wide Identification and Regulatory Analysis of the TIFY Gene Family in Glycyrrhiza uralensis

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摘要目的为了探索乌拉尔甘草(Glycyrrhiza uralensis Fisch.)TIFY基因家族的特征并预测其功能,本研究在全基因组层面,应用生物信息学方法对乌拉尔甘草TIFY基因家族进行鉴定和分析.方法在乌拉尔甘草全基因组数据基础上,利用NCBI、MEME及TBtools等工具,结合基因保守结构域,对乌拉尔甘草TIFY基因家族的序列特征、分类、系统发育和基因表达模式进行分析.结果在乌拉尔甘草中鉴定到TIFY家族基因成员18个(GurTIFY1-GurTIFY18),分别属于TIFY、JAZ、PPD、ZML四个亚家族,编码的核苷酸长度为444-1266 bp,氨基酸长度在147-421 aa之间,等电点为4.57-9.68,分子质量为16741.11-44426.5 Da,含有10个保守基序和4个保守结构域.基因表达结果表明GurTIFY基因中GurTIFY15、GurTIFY4、GurTIFY1、GurTIFY11等在乌拉尔甘草叶和根中的表达水平具有显著差异性.结论本研究为深入理解TIFY基因响应非生物胁迫的调控机制和参与次生代谢物质累积的功能奠定基础,并为乌拉尔甘草优质品种选育提供科学参考.

作者秦振芬 ^[1] 孟祥霄 ^[1] 温东 ^[2] 朱雪雯 ^[1] 王艳 ^[3] Botir Khaitov ^[4] Atia tul Wahab ^[5] 孙伟 ^[1] 学术成果认领

作者单位中国中医科学院中药研究所/中药鉴定与安全性评估北京市重点实验室北京 100700 ^[1] 中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所北京 100193 ^[2] 卡拉奇大学国际化学与生命科学研究院化学研究所卡拉奇 75270 ^[3] 国际生物盐农业中心塔什干 100084 ^[4] 卡拉奇大学国际化学与生命科学研究院分子医学与药物研究所卡拉奇 75270 ^[5]

关键词生物信息学乌拉尔甘草 TIFY基因家族鉴定功能分析

分类号 R284

栏目名称 专题讨论一:中药天然产物活性及生物合成研究

DOI 10.11842/wst.20211116007

发布时间 2022-10-09

基金项目

国家重点研发计划 中国中医科学院科技创新工程:基于各国药典的全球草药数据库的构建 负责人:宋驰