换一批基于紫皮石斛叶绿体基因组遗传变异的品种鉴定标记开发
Development of Cultivar Identification Markers Based on Chloroplast Genome Genetic Variation in Dendrobium Devonianum
摘要目的 解析紫皮石斛(Dendrobium devonianum Paxton)品种"紫玉"及"翠玉"的叶绿体基因组结构及遗传变异特征,开发可用于鉴定的分子标记,为种质资源保护和产业发展提供支撑.方法 采用Illumina NovaSeq平台对2个品种6个样本进行测序,通过GetOrganelle和CPGAVAS2完成叶绿体基因组的组装与注释;利用mVISTA筛选叶绿体基因组高变区间,设计特异引物,并采用PCR扩增、电泳及测序验证其鉴别效果.结果 "紫玉"和"翠玉"的叶绿体基因组长度分别为157115和156632 bp,均具有典型的四分体结构,注释获得119个基因,GC含量均为37.5%.分别检测到46和41个SSRs位点,以A/T型重复为主.序列变异主要集中于非编码区和LSC/SSC区域,共识别出6个高变区间.基于trnI-CAU-trnL-CAA区间设计的引物D5,在100-137 bp区段通过38 bp InDel变异可实现品种鉴别,扩增成功率达100%.结论 明确了"紫玉"和"翠玉"叶绿体基因组的结构特征与遗传差异,开发的分子标记具备良好的稳定性与鉴别效果,为实现紫皮石斛品种级鉴定、种质资源保护及品种权管理提供了有效的分子工具.
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关键词
紫皮石斛叶绿体基因组分子标记品种鉴定种质资源保护Dendrobium devonianum PaxtonChloroplast genomeMolecular markersCultivar identificationGermplasm conservation
分类号
S567.23
DOI
10.11842/wst.20251123002
发布时间
2026-04-09（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
云南省科学技术厅重大科技专项计划（202302AA310029）
段宝忠（紫皮石斛品质提升关键技术研究与GAP基地建设示范,负责人）
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