换一批基于生物信息学分析巴瑞特食管的关键基因及潜在中药预测
Key Genes in Barrett's Esophagus and Potential Chinese Medicine Prediction Based on Bioinformatics
摘要目的 利用GEO数据库借助生物信息学方法分析巴瑞特食管(Barrett's esophagus,BE)的关键基因,并预测潜在治疗中药.方法 在GEO数据库中选取GSE26886和GSE39491芯片,使用R软件、STRING数据库、Cytoscape软件筛取BE差异表达基因(Differentially expressed gene,DEG)进行富集分析、构建蛋白互作网络、筛选核心基因,并采用另一个数据集GSE13898进行验证筛选关键基因.最后用Coremine Medical、CTD数据库预测BE关键基因对应的中药及有效活性成分.结果 筛选出1031个DEGs,富集分析主要与表皮皮肤发育、肽酶与内肽酶活性的调节相关,通路涉及炎症介质调节TRP通道、蛋白质消化和吸收、胃酸分泌等.关键基因为PECAM1、CALML5、PPARG、APP、SOX9、IL1A,共6个.预测的潜在中药的主要功效包括理气化痰、活血化瘀、健脾益气、益胃生津,与BE病机相符,中药有效成分包括白藜芦醇、姜黄素、屈大麻酚、槲皮素、叶酸、没食子酸等,与疾病BE及食管腺癌(Esophageal adenocarcinoma,EAC)相关.结论 筛选出6个BE关键基因,预测用于治疗BE的潜在中药,可为研究BE提供新的生物标志物,以期为临床防治BE、抑制食管"炎-癌"转化提供新线索.
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