换一批
换一批药用植物珊瑚菜GlAT基因的克隆和生物信息学分析
Cloning and Bioinformatics Analysis of Acyltransferase Gene in Medicinal Plant Glehnia littoralis(GlAT)
摘要目的:对药用植物珊瑚菜Glehnia littoralis BAHD酰基转移酶(Acyltransferase,AT)基因序列进行生物信息学分析.方法:用茉莉酸甲酯(MeJA)处理珊瑚菜幼苗,用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)方法检测GlAT候选基因的表达量,在已建立的珊瑚菜转录组数据中筛选出表达量较高且MeJA处理后上调表达的1条GlAT基因序列,对该基因cDNA序列进行全长克隆;根据所得的氨基酸序列进行蛋白质理化性质、二级结构、三级结构分析,利用MEGA 6.0构建该蛋白序列的NJ系统进化树.结果:GlAT的全长开放阅读框ORF(Open Reading Frame)为1 443 bp,编码480个氨基酸.该蛋白相对分子质量为52 844.14,等电点为6.92,为亲水性蛋白,属于转移酶超家族.珊瑚菜GlAT蛋白与同科植物胡萝卜Daucus carota subsp.sativus的AT蛋白亲缘关系最近.结论:首次获得珊瑚菜GlAT基因的ORF全长序列并进行了生物信息学分析,为进一步开展该基因的功能和遗传调控机制研究奠定了基础.
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主题词
基因(Genes)计算生物学(Computational Biology)植物, 药用(Plants, Medicinal)肿瘤转移(Neoplasm Metastasis)转录组(Transcriptome)
分类号
R284
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1673-7202.2020.05.005
发布时间
2020-05-21
基金项目
国家自然科学基金青年项目（81903748）；
上海市资源植物功能基因组学重点实验室开放基金项目（PFGR201703）
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