换一批应用非序列联配方法对哺乳动物系统发育关系的探讨
Construction and discussion of whole-genome phylogeny of mammals by alignment-free method
摘要非序列联配的序列分析方法,将序列中特定寡聚核苷酸的kmer统计频率作为特征,在序列间按特征进行比较和分析.这种方法综合考虑了所有变异类型对序列整体特征的影响,因而在组学数据分析上有独特的优势.但是,这类方法在复杂多细胞生物基因组系统发育中的适用性仍然有待检验.在本文中,我们使用基于非序列联配方法的CVTree软件,以45种哺乳动物的蛋白质组数据建立了系统发育关系NJ树,并据此探讨了哺乳动物系统发育的若干问题.在广受关注的真兽下纲四个总目的关系问题上,CVTree支持形态学的普遍结论即上兽类 (Epitheria) 假说.这与基于序列联配方法支持的外非洲胎盘类 (Exafro-placentalia) 假说不同.在哺乳动物内部目的层次上,CVTree树的结论与分子和形态所普遍接受的系统发育关系基本一致.但是在目的内部,CVTree树会有较多的差异.研究结果初步显示非序列联配方法在使用复杂多细胞生物的组学数据进行系统发育关系分析中的可行性.对非序列联配方法自身的改进及其与传统基于取代的序列联配方法之间的比较仍有待深入研究.
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关键词
非序列联配哺乳动物组学数据上兽类假说系统发育关系Alignment-free methodEpitheria hypothesisMammalianOmics dataPhylogenetic relationship
分类号
Q341（遗传学分支学科）
DOI
10.16829/j.slxb.150127
发布时间
2019-09-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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