换一批基于目标基因芯片数据预测lncRNAs调控脑缺血再灌注损伤后的作用效应
Role of Long Non-coding RNAs in the Regulation of Post-cerebral Ischemia/Reperfusion Injury Based on Analysis of Target Gene Chip Data
摘要长链非编码RNAs (long noncoding RNAs,lncRNAs)在细胞中有重要调控作用.已有研究报道,脑缺血再灌注损伤可诱导大量lncRNAs表达水平的改变,然而其具体作用机理未知.现从GEO数据库中下载基因芯片数据,分析损伤后脑组织中lncRNAs和mRNAs的表达改变.结果显示27条lncRNAs和408条mRNAs表达上调,9条lncRNAs和31条mRNAs表达下调.同时,基因本体论和通路富集分析显示差异表达的转录本在免疫和炎症反应、细胞凋亡调控等生物过程及相关通路显著富集.此外,基于lncRNAs目标预测程序和lncRNAs-mRNAs共调控网络,对序列数据和表达数据进行综合分析,发现差异表达lncRNAs参与调控细胞凋亡、免疫和炎症反应,并推测出lincRNA (chr19:5771425-5848475_F)、lincRNA (chr1:137503023-137625604_R)和lincRNA (chr14:21029450-21049451 F)等lncRNAs潜在的靶基因和调控机制.这些发现提示lncRNAs广泛参与调控脑缺血再灌注损伤,为缺血性脑卒中损伤机制和治疗方案提供新的研究方向.
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关键词
脑缺血长链非编码RNA免疫反应炎症反应生物信息学预测基因芯片数据GEO数据库cerebral ischemialong noncoding RNA (lncRNA)immune responseinflammatory responsebionformatics predictiongene chip dataGEO databose
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DOI
10.16605/j.cnki.1007-7847.2016.03.009
发布时间
2016-07-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家级大学生创新创业训练计划项目（201310312015Z）
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