换一批用于拟南芥染色体着陆的一套InDel标记的设计与应用
Designing and Testing a Set of InDel Markers for Chromosome Landing in Arabidopsis thaliana
摘要在拟南芥图位克隆中SSLP (simple sequence length polymorphism)是首选分子标记,当无可用SSLP时才会考虑CAPS (cleaved amplified polymorphic sequence)、dCAPS (designed CAPS)及SNAP (single nucleotide amplified polymorphism)等标记.图位克隆的第1步就是染色体着陆,需逐个检测覆盖全基因组的标记,工作繁琐,更加依赖操作相对简单的SSLP标记.但是,SSLP标记在染色体上分布不均,有些标记缺乏物理位置记录,而且很多标记的PCR反应体系和扩增条件不同,这些瑕疵增加了染色体着陆乃至图位克隆其他步骤的工作量,有碍图位克隆的顺利开展.针对上述不足,以InDel多态性位点为基础设计一组标记,专门用于染色体着陆,以弥补现有SSLP标记的不足.这套标记有确切的物理位置,每个标记所控制的染色体区间小于30 cM,而且这套标记可采用相同的PCR反应体系和反应程序.随即用这套标记成功地实现了6个Ler背景的隐性突变体的染色体着陆,显示这组标记能够满足实验要求,使得拟南芥图位克隆得到简化.
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关键词
拟南芥图位克隆SSLP染色体着陆InDel标记分离群体分组分析(BSA)A rabidopsis thalianamap-based cloningsimple sequence length polymorphism (SSLP)chromosome landingInDel markerbulked segregation analysis (BSA)
分类号
Q37（植物遗传学）
栏目名称
DOI
10.16605/j.cnki.1007-7847.2017.01.001
发布时间
2017-04-21（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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