换一批全基因组重测序解析德清朱鹮群体遗传多样性及群体遗传结构
Genetic Diversity and Structure Analysis of Deqing Nipponia nippon Population Based on Whole-genome Resequencing
摘要本研究采用全基因组重测序技术检测了194只朱鹮(Nipponia nippon)群体的基因组单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP);通过分析最小等位基因频率、观测杂合度、期望杂合度及多态信息含量,解析了德清朱鹮群体的遗传多样性;通过构建状态同源(identity by state,IBS)遗传距离矩阵和G矩阵,分析了德清朱鹮群体的亲缘关系;通过构建基于IBS遗传距离矩阵的系统发育树,分析并划分了德清朱鹮群体的家系结构.结果显示:194只朱鹮群体经过质控后共获得144 219个SNP,SNP平均检出率为0.962,最小等位基因频率为0.169±0.050,多态信息含量为0.276±0.068,观测杂合度为0.338±0.099,期望杂合度为0.276±0.069,近亲繁殖系数为-0.206±0.071;德清朱鹮群体的IBS遗传距离为0.218±0.033,而且G矩阵的亲缘关系结果与IBS遗传距离矩阵的结果一致,均显示德清朱鹮群体中存在部分亲缘关系较近的个体;基于系统发育树分析,194只朱鹮可被划分为16个家系.综上所述,德清朱鹮群体遗传多样性中等,未出现较大程度的近交积累,部分个体间由于亲缘关系过近存在近交风险,后续可依据所划分的家系选配个体来避免近交.
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关键词
朱鹮全基因组重测序遗传多样性亲缘关系家系结构Nipponia nipponwhole-genome resequencinggenetic diversitykinshipfamily structure
分类号
Q953（动物学遗传学）
栏目名称
DOI
10.16605/j.cnki.1007-7847.2024.05.0152
发布时间
2025-06-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
德清县生态林业综合服务中心项目（ZJXRDQ-2023-DT02）
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