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玉米种子不同部位基因组提取效率对CRISPR/Cas12a检测体系的影响

Effects of genomic extraction efficiency from different parts of maize seeds on CRISPR/Cas12a-based detection system

摘要目的 探究玉米种子不同部位在基因组提取和核酸检测中的表现差异,明确最优选择和对成簇规律间隔短回文重复序列及相关蛋白 12a(clustered regularly interspaced short palindromic repeats/associated protein 12a,CRISPR/Cas12a)检测体系结果的影响.方法 本研究比较了玉米种子胚、胚乳和全籽粒的基因组提取效率;通过常规聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)级联CRISPR/Cas12a系统,对各部位提取产物进行靶标扩增和识别,评估所提取基因组对后续核酸检测的影响;通过对比DNA提取效率、扩增效果和荧光信号强度,验证各部位样本在检测中的适应性.结果 玉米种子不同组织部位的DNA提取效率存在差异,胚部基因组含量最高、全籽粒次之,胚乳相对较低,符合玉米种子生物学结构特征;各部位基因组均能成功扩增,级联CRISPR/Cas12a系统检测产生明确阳性信号;本研究构建的方法定性检出限为0.1 wt%,符合大多数国家和地区对转基因成分的检测要求.结论 玉米种子不同部位基因组提取效率存在差异,但均具备良好的核酸扩增和CRISPR/Cas12a检测适应性,在实际检测中全籽粒取样即可满足检测灵敏度且操作更便捷.本研究开发的方法无需大型仪器设备,能够满足对转基因玉米种子现场检测的需求,具备转基因食品安全筛查的应用价值.

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