基于GEO数据库结合网络药理学和分子对接技术探究玉竹抗抑郁作用机制
Exploring the Anti-depression Mechanism of Polygonatum ordoratum Based on GEO Database Combined with Network Pharmacology and Molecular Docking Technology
摘要目的:基于生物信息学和网络药理学方法筛选玉竹治疗抑郁症的潜在药物靶点和信号通路,并通过PC12细胞实验初步证实其抗抑郁药效.方法:下载GSE98793表达矩阵和GPL570平台信息进行差异表达基因筛选;通过检索TCMSP数据库进行成分筛选,利用Cytoscape3.7.1软件,构建玉竹"药物-成分-靶点"相互作用网络图和PPI网络图;利用DAVID数据库,进行GO和KEGG富集分析;使用SYBYL-X 2.0软件对主要活性成分及靶点进行分子对接验证;采用谷氨酸(Glu)诱导PC12细胞模型后,将玉竹醇提物按低、中、高剂量进行分组给药,考查其对PC12细胞损伤的保护作用.结果:筛选得到玉竹抗抑郁活性成分23个,活性靶点34个;"药物-成分-靶点"网络图显示棕榈酸、月桂酸、(+)-雪松醇等为玉竹抗抑郁的主要活性成分;PPI网络图显示PTGS2、PTGS1、SLC6A2、GABRA1、TNF等为关键靶点;通过GO富集分析得到GO条目共209个,其中包括生物过程(BP)149 个,细胞组分(CC)23 个,分子功能(MF)37 个;主要涉及 Chemical carcinogenesis-receptor activation、Small cell lung cancer和Adipocytokine signaling pathway等信号通路;分子对接结果显示,玉竹主要活性成分与抑郁症主要靶点对接结果具有良好稳定性;体外细胞实验结果表明,600 μg/mL的玉竹醇提物对Glu诱导的PC12细胞损伤具有明显恢复作用.结论:玉竹可能通过炎症反应、氧化应激和前列腺素合成等途径发挥抗抑郁作用.
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