换一批莱鲍迪甙C高效转化细菌Paenarthrobacter ilicis CR5301全基因组测序及关键糖苷酶分析
Whole Genome Sequencing and Key Glycosidase Analysis of Paenarthrobacter ilicis CR5301,an Efficient Rebaudioside C-Converting Bacterium
摘要为全面了解Paenarthrobacter ilicis CR5301的遗传背景,深入解析CR5301转化莱鲍迪甙C(rebaudioside C,RC)的关键酶,采用二代Illumina HiSeq和三代Nanopore相结合的测序方法,对CR5301进行全基因组测序和关键酶预测分析.结果显示,CR5301基因组为1个闭合环状染色体DNA分子,不含质粒,基因组序列全长4 748 281 bp,GC含量62.92％,共编码4458个基因,同时含有4个基因岛、1个前噬菌体和14个CRISPR-Cas编码序列.CR5301是P.ilicis物种第1个测定基因组完成图的菌株,也是Paenarthrobacter菌属己知基因组最大的菌株.基因组共线性分析和16S rRNA基因系统进化树分析结果一致表明,P.ilicis CR5301与P.aurescens具有更近的亲缘关系,而与P.ureafaciens的亲缘关系较远.7个蛋白质数据库综合注释分析发现,P.ilicis CR5301基因组共含有523个碳水化合物活性酶基因,其中18个糖苷酶基因可能是CR5301转化RC的关键酶基因.最后,通过ProtParam、SOPMA生物信息学软件,预测了 18个糖苷酶的物化性质和二级结构.这些结果为CR5301的RC转化机制研究提供了清晰、完整的遗传信息,并且为P.ilicis物 种广泛的生物学研究提供了完整、可靠的参考基因组序列,对今后P.ilicis物种生物学研究具有重要的参考价值和普遍的借鉴意义.
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分类号
TS201.3
栏目名称
DOI
10.7506/spkx1002-6630-20211126-326
发布时间
2022-10-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
黑龙江省普通本科高等学校青年创新人才培养计划（UNPYSCT-2017112）
牡丹江市科学技术计划项目（Z2017n0086）
牡丹江市科学技术计划项目（Z2018n010）
黑龙江八一农垦大学自然科学人才支持计划项目（ZRCPY202005）
:黑龙江八一农垦大学学成
引进人才科研启动计划项目（XDB202009）
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