换一批南极磷虾原肌球蛋白纯化鉴定、理化特性及模拟表位肽预测
Purification, Physicochemical Properties, and Mimotope Peptide Prediction of Tropomyosin from Antarctic Krill (Euphausia superba)
摘要对南极磷虾原肌球蛋白(tropomyosin,TM)进行提取纯化与质谱鉴定,并对其热稳定性、pH值稳定性及消化稳定性进行研究,同时利用生物信息学对其进行序列同源性分析、空间结构同源建模及过敏原模拟表位肽识别.十二烷基硫酸钠聚丙烯酰氨凝胶电泳结果显示,经蛋白粗提、热除杂、等电点沉淀、硫酸铵盐析等多步提纯,最终仅在32 kDa附近得到一条清晰条带.利用超高效液相色谱-质谱联用对其进行扫描,经UniProt数据库检索确定该目的蛋白为TM(Euphausia superba),蛋白分子质量32.6 kDa,肽段覆盖率达97％.同源性分析结果表明南极磷虾TM是一种高度保守蛋白,与26种甲壳动物的TM序列同源性在88％～98.2％之间.南极磷虾TM对热、酸碱及胃液消化均具有较强的稳定性,而对肠液消化稳定性较差,易被胰蛋白酶和糜蛋白酶降解生成低分子质量肽段.通过DNAStar Protean、ANTHEPROT、BepiPred 1.0 server、ABCpred server、Immunomedicine Group 5种生物信息学工具最终预测识别出8条南极磷虾TM模拟表位肽(EAQNKETNAKADKADDEVH、DLERSEERLN、TKLAEASQAADESER、EADRKYDE、ERAEERAEAG、VSEEKANQREEAYKEQI、RSVQKLQKEVDR、VNEKEKYKGI),并在其空间结构中进行一一映射.本研究为南极磷虾TM模拟表位肽的精准预测识别及其相关低致敏性产品的开发提供了科学依据.
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