换一批
换一批高产聚苹果酸黑色素短梗霉CGMCC18996全基因组组装注释及关键蛋白分析
Genome Assembly and Annotation of a High-Polymalic Acid(PMLA)Producing Strain Aureobasidium melanogenum CGMCC18996 and Analysis of Its Key Proteins Related to PMLA Synthesis
摘要通过PacBio Sequel II及Illumina NovaSeq 6000测序平台对高产聚苹果酸(polymalic acid,PMLA)产黑色素短梗霉(Aureobasidium melanogenum)基因组进行测序,对测序得到的下机文件进行组装,并结合转录组数据进行基因结构注释.结果表明,产黑色素短梗霉基因组中共有6 202 个基因,主要参与碳水化合物转运及代谢、氨基酸转运代谢、转录后修饰、RNA加工及修饰等生物活动.功能注释结果显示基因组中有大部分基因与过氧化物体有关,进而对菌株进行透射电镜拍摄,发现菌体中存在圆形的类过氧化物体(乙醛酸体)结构,提示菌体可通过乙醛酸循环途径生成苹果酸.最后,对可能与PMLA合成有关的磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶激酶和苹果酸合成酶进行了蛋白质结构预测,发现这两种蛋白可能具备合成苹果酸的能力.本研究结果可为产黑色短梗霉菌株的PMLA代谢提供一定的参考,同时,组装的基因组文件已上传至相关数据库,为后续的菌株开发利用提供基础.
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关键词
聚苹果酸产黑色素短梗霉基因组测序基因组组装蛋白质预测polymalic acidAureobasidium melanogenumgenome sequencinggenome annotationprotein prediction
分类号
Q93
栏目名称
生物工程
DOI
10.7506/spkx1002-6630-20220906-059
发布时间
2023-09-18
基金项目
天津市科委基金项目
宁夏回族自治区重点研发计划项目
宁夏回族自治区重点研发计划项目
工业发酵微生物教育部重点实验室暨天津市工业微生物重点实验室开放课题
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