摘要[目的]利用DNA条形码ITS1、ITS2碱基序列及其二级结构对巴戟天药材及其混伪品进行鉴定.[方法]利用Codon Code Aligner 17.0或SeqMan软件对测序获得的双向序列进行拼接,从GenBnak上下载巴戟天及其混伪品的ITS1、ITS2碱基序列并利用MEGA 11.0软件分别与测序获得的碱基序列进行比对分析,获得测序样品的ITS1、ITS2碱基序列.将所有ITS1、ITS2碱基序列利用MEGA 11.0软件比对分析,分别构建NJ、ML系统聚类树并计算种内、种间遗传距离及各物种种间碱基变异位点、简约信息位点,利用在线网页构建各物种ITS1、ITS2碱基序列二级结构.[结果]基于ITS1碱基序列巴戟天与大果巴戟、虎刺、鸡眼藤、假巴戟、南五味子、香巴戟、羊角藤的种间遗传距离分别为0.034、0.233、0.052、0.052、1.004、1.004、0.049,种间简约信息位点分别为6、30、9、9、90、90、10个,根据NJ系统聚类树显示虎刺与羊角藤、香巴戟与南五味子无法鉴别,ML系统聚类树显示香巴戟与南五味子无法鉴别.基于ITS2碱基序列巴戟天与大果巴戟、虎刺、鸡眼藤、假巴戟、南五味子、香巴戟、羊角藤的种间遗传距离分别为0.014、0.113、0.034、0.015、0.509、0.516、0.017,种间简约信息位点分别为7、34、15、8、91、88、9个,根据 NJ 系统聚类树显示除香巴戟与南五味子无法鉴别外,其他各物种均独立聚为一支,ML系统聚类树显示各物种均独立聚为一支.基于ITS2构建的二级结构能够准确对各物种进行鉴别.[结论]基于ITS2构建的ML系统发育树、二级结构均能够对巴戟天及其混伪品进行鉴别,ITS2序列的物种鉴定能力优于ITS1序列.