换一批文蛤Smad1/5基因克隆、时空表达及生长相关SNP位点筛查
CLONING, SPATIOTEMPORAL EXPRESSION AND SNPS DETECTION OF SMAD1/5 GENE IN HARD CLAM MERETRIX MERETRIX
摘要为探讨Smad1/5基因在贝类生长发育中的调控作用,利用RACE技术克隆获得文蛤Smad1/5(Mm-Smad1/5)基因的cDNA全长序列,对其生物信息学、不同组织和不同发育时期时空表达特征进行分析,并利用直接测序法分析了外显子区域SNP位点与生长性状的相关性.结果表明:Mm-Smad1/5的cDNA全长序列为1832 bp,开放阅读框1380 bp,编码459个氨基酸;氨基酸多序列比对显示,Mm-Smad1/5蛋白与太平洋牡蛎Smad5、大西洋舟螺Smad1的一致性分别为83.7%和80.2%,与人、鸡、非洲爪蟾等脊椎动物Smad 1、Smad 5氨基酸序列的一致性达到70.5%以上,说明该基因具有较高的保守性;结构域预测发现,Mm-Smad1/5含有Smads蛋白家族特有MH1、MH2两个高度保守结构域.荧光定量PCR(qRT-PCR)结果表明,Mm-Smad1/5基因在成体6个组织均有表达,尤其在斧足、外套膜中表达量显著高于其他组织(P<0.05);Mm-Smad 1/5基因在各发育时期广泛表达, 从原肠胚期开始大量表达, 一直持续到壳顶幼虫期, 而从眼点幼虫大量下降, 稚贝时期又有所上升.Mm-Smad1/5基因外显子区域SNP位点相关分析表明,共发现了9个SNP位点,其中936 G>T位点与文蛤的生长性状显著相关(P<0.05).Mm-Smad1/5基因在文蛤生长发育中发挥重要调控作用, 可作为高产良种选育的候选基因, 而生长关联SNP位点分析将为文蛤分子标记辅助育种研究奠定重要基础.
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DOI
10.7541/2018.035
发布时间
2018-05-11（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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