16S rRNA基因在微生物生态学中的应用

The applications of the 16S rRNA gene in microbial ecology: current situation and problems

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摘要16S rRNA(Small subunit ribosomal RNA)基因是对原核微生物进行系统进化分类研究时最常用的分子标志物(Biomarker),广泛应用于微生物生态学研究中.近些年来随着高通量测序技术及数据分析方法等的不断进步,大量基于16SrRNA基因的研究使得微生物生态学得到了快速发展,然而使用16S rRNA基因作为分子标志物时也存在诸多问题,比如水平基因转移、多拷贝的异质性、基因扩增效率的差异、数据分析方法的选择等,这些问题影响了微生物群落组成和多样性分析时的准确性.对当前使用16S rRNA基因分析微生物群落组成和多样性的进展情况做一总结,重点讨论当前存在的主要问题以及各种分析方法的发展,尤其是与高通量测序技术有关的实验和数据处理问题.

作者刘驰 ^[1] 李家宝 ^[2] 芮俊鹏 ^[2] 安家兴 ^[2] 李香真 ^[2] 学术成果认领

作者单位 中国科学院环境与应用微生物重点实验室,成都610041;环境微生物四川省重点实验室,中国科学院成都生物研究所,成都610041;中国科学院大学,北京100049 ^[1] 中国科学院环境与应用微生物重点实验室,成都610041;环境微生物四川省重点实验室,中国科学院成都生物研究所,成都610041 ^[2]

关键词 16S rRNA基因微生物群落多样性高通量测序生物信息数据处理 16S rRNA gene microbial community microbial diversity pyrosequencing bioinformatics

主题词基因(Genes)性(Sex)生态学(Ecology)微生物群落(Microbial Consortia)研究(Research)

栏目名称 专论与综述

DOI 10.5846/stxb201306181726

发布时间 2015-10-21

基金项目

国家重点基础研究发展规划资助项目 国家自然科学基金资助项目