换一批车前草花叶病毒外壳蛋白基因实时荧光RT-PCR检测方法的建立与应用
Development and application of RT-qPCR for detection of Plantago asiatica mosaic virus coat protein gene
摘要[目的]建立一套适用于百合车前草花叶病毒(Plantago asiatica mosaic virus,PlAMV)快筛的实时荧光RT-PCR检测方法.[方法]以PlAMV为检测目标,在NCBI网站上Blast检索数据库中的PlAMV以及相同寄主上常见的16种病毒的特异性基因外壳蛋白(coat protein,CP)序列信息,根据序列碱基替换的饱和性分析、系统发育树分析以及遗传距离分析结果,确定PlAMV的特异性基因,以CP基因为靶标,设计特异性强的引物和探针,建立特异性实时荧光检测方法,验证引物特异性,测试反应的灵敏度,并对21份疑似感染PlAMV的百合样品测试检测效果.[结果]确定CP基因作为PlAMV检测的特异性基因,设计2组特异性引物和探针,利用疑似感染PlAMV的百合样品进行检测效果验证,建立了2套快筛的PlAMV实时荧光RT-PCR检测体系,检出限达到1 pg·μL-1,2组引物和探针均检测出21份阳性样品,检出率均为100％,2组引物和探针的扩增效率相近.[结论]建立的实时荧光RT-PCR反应体系可特异性定量检测PlAMV,并可应用于口岸样品进行快速、准确的筛查,为加强对PlAMV的分析与管控,制定全面系统的控制措施提供了技术支持.
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关键词
车前草花叶病毒外壳蛋白实时荧光RT-PCR生物信息学Plantago asiatica mosaic viruscoat proteinreal-time fluorescenceRT-PCRbioinformatics
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DOI
10.3969/j.issn.2095-1787.20240064
发布时间
2025-08-05（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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