基于机器学习探索SYT8对进展期胆囊癌恶性生物学行为的影响
Exploring the Influence of SYT8 on the Malignant Biological Behavior of Advanced Gallbladder Cancer Based on Machine Learning
摘要目的:本研究旨在结合机器学习和加权基因共表达网络分析(Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA)方法探讨突触结合蛋白8(Synaptotagmin 8,SYT8)在进展期胆囊癌中的表达情况并探究其对胆囊癌细胞GBC-SD和NOZ恶性生物学行为的影响.方法:从GEO数据库中收集胆囊癌患者的RNA-seq数据,按肿瘤早期和进展期分组,进行基因差异和富集分析,随后对差异分析结果进行随机森林算法和Lasso回归分析,同时使用加权基因共表达网络分析确定与肿瘤进展相关的关键基因SYT8.利用https://genemania.org/网站分析与SYT8基因共表达或蛋白相互作用的基因并生成基因相互作用网络.对SYT8进行单基因GSEA(Gene Set Enrichment Analysis,GSEA)分析,探究其在进展期胆囊癌中可能存在相关通路.实验分为空转对照组(siNC)和实验组(siSYT8),采用qRT-PCR、Westernblot、CCK8、克隆形成、Transwell及流式细胞术实验验证SYT8基因在胆囊癌中的表达水平及作用情况.结果:首先发现SYT8是胆囊癌进展一个关键基因并在组织中高表达.此外,单基因GSEA分析得出SYT8可能通过E2F通路和G2M检查点发挥促癌的作用.最后,细胞实验得出敲低SYT8的表达可明显降低胆囊癌细胞的增殖、迁移和侵袭并促进凋亡.结论:通过本研究得出,SYT8为进展期胆囊癌的关键基因,通过敲低SYT8可抑制胆囊癌细胞的生长,展示了其未来可能作为治疗胆囊癌靶点的潜力.
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