摘要为了摸清甘肃省土著鱼类资源与分布现状,探索DNA条形码在鱼类辅助物种鉴定中的适用性,2012年6-9月对甘肃境内黄河水系、嘉陵江水系和河西内陆河水系进行了较全面的鱼类调查.共采集鱼类标本3,087尾,隶属于5目10科38属64种,以鲤科种类最多,为30种,占总种数的46.88％.物种多样性分析表明,在黄河水系的夏河和庄浪河多样性指数是所有调查点中最低的,分别为1.38和1.09.嘉陵江水系各河段的多样性指数较高(H=2.15-3.27),其次为河西内陆河水系(H=2.01-2.83).在河西内陆河水系中,疏勒河的均匀度指数最高,为1.10,黑河最低(0.68).庄浪河的优势度指数最高,为0.34,而嘉陵江干流两当段的优势度指数在所有调查点中最低,为0.04.利用DNA条形码分析了49种662尾标本的COI基因部分序列,大部分种类在neighbor-joining系统树中形成各自的单系,种内平均遗传距离0.88％,种间平均遗传距离为9.99％,在种内和种间COI序列遗传距离之间形成明显的条形码间隙,斯氏高原鳅(Triplophysa stoliczkae)与达里湖高原鳅(T.dalaica),甘肃高原鳅(T.robusta)与似鲇高原鳅(T.siluroides),嘉陵裸裂尻鱼(Schizopygopsis kialingensis)与黄河裸裂尻鱼(S.pylzovi)之间的遗传距离低于2％,甘肃高原鳅与似鲇高原鳅不能通过COI基因片段区分开,其他两对物种可以采用核苷酸诊断法来进一步区分.斯氏高原鳅和拉氏(鳓)(Phoxinus lagowskii)种内遗传分歧较大,揭示种内可能存在隐存种.结果表明,对某些近缘种和不同地理种群差异较大的物种,要将分子、形态和地理分布特点结合起来才能准确鉴定.