换一批一种快速高效的全基因组甲基化CpG岛富集方法的建立
A Rapid and Efficient Method for Whole Genome Methyl-CpG Islands Enrichment
摘要高甲基化的CpG岛所致基因表观遗传学转录失活已经成为肿瘤表观基因组学研究的重要内容,但尚未建立一种能快速在全基因组水平上进行甲基化CpG岛的富集方法.利用甲基化结合蛋白MBD2b具有特异性结合甲基化DNA 的特性,建立了一种基于DNA免疫共沉淀技术的全基因组甲基化CpG岛的富集方法.在大肠杆菌中表达重组的GST-MBD2b蛋白,通过Glutathione Sepharose 4B对重组蛋白进行纯化,制备成亲和层析柱,利用在不同的盐离子强度下甲基化DNA和非甲基化DNA的结合能力不同,对甲基化DNA进行富集.用甲基化酶SssI处理过的DNA片段与非甲基化DNA片段进行富条件的摸索,发现0.5mol/L KCl的浓度是甲基化DNA片段和非甲基化DNA片段得以分开的临界条件.样品的富集效率用Real Time PCR进行检测.结果表明,这种方法能够实现对全基因组甲基化DNA的有效富集且最高的富集倍数可达到100 多倍.富集到的甲基化DNA可以进行后续的定量PCR, DNA测序和全基因组芯片的分析等工作,为大规模分析全基因组CpG岛甲基化的改变奠定了基础.
更多相关知识
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1671-8135.2008.05.013
发布时间
2008-07-17（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
- 浏览182
- 被引2
- 下载4
相似文献
- 中文期刊
- 外文期刊
- 学位论文
- 会议论文
