恙虫病东方体超快速检测方法的建立及评价
Establishment and Evaluation of an Ultra-rapid Method for the Detection of Orientia tsutsugamushi
摘要目的:建立一种可以在基层医疗机构使用的超快速恙虫病东方体(Orientia tsutsugamushi,Ot)核酸检测方法.方法:利用实时荧光定量PCR技术(quantitative real-time polymerase chain reaction,qPCR),通过比对分析数据库中恙虫病东方体全基因组序列确定靶基因,设计qPCR特异性引物和探针,优化反应体系和反应程序,建立超快速多重qPCR检测方法;利用经过数字PCR(droplet digital PCR,ddPCR)定量后的样本核酸作为标准物质,评价该方法的灵敏度、重复性以及最低检出限;通过比较基因组学分析,验证恙虫病东方体与同科属的易引起类似症状的病原体的特异性,通过检测24种(共45例)易引起类似症状的其他病原体核酸评价特异性;利用116例来源于云南省红河州金平县人民医院和复旦大学附属华山医院的临床全血样本,通过四格表卡方检验对多重qPCR超快速检测方法和传统qPCR检测方法的检测结果进行比较,采用Kappa一致性检验分析方法间的一致性.结果:恙虫病东方体与同科属的易引起类似症状的病原体的同源性较低,与常见的易引起类似症状的24种病原体无交叉反应,具有很好的特异性;最低检出限为156 copies/mL;具有很好的重复性,检测Ct值的变异系数≤3.13%;多重qPCR超快速检测方法和传统qPCR检测方法同时检测116例临床全血样本,检测结果的差异无统计学意义(P>0.05),两种方法具有很高的一致性(Kappa=0.939 2,P<0.001),总符合率97.42%(CI:92.67%~99.12%),检测时间可缩短至30 min.结论:建立的多重qPCR超快速检测方法具有良好的灵敏度、重复性和特异性,可以快速诊断临床全血样本中的恙虫病东方体核酸,在基层医疗机构实现及时快速诊疗.
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