换一批
换一批可降解TCE的甲烷氧化菌16S rDNA与pmoCAB基因簇序列分析
Sequence analysis of 16S rDNA and pmoCAB gene cluster of trichloroethylene-degrading methanotroph
摘要甲烷氧化菌可高效催化甲烷和多种氯代烃降解,开展甲烷单加氧酶的基因簇序列分析研究有助于深入了解催化机理,并提升其在污染物生物降解领域中的应用价值.以甲烷为唯一碳源富集分离甲烷氧化菌,取5种氯代烃作为共代谢基质考察其降解情况,利用MEGE5.05软件构建基于16S rDNA的系统发育树对所选菌株进行初步鉴定,用半巢式PCR法分段扩增菌株的颗粒性甲烷单加氧酶(pMMO)基因簇并进行T-A克隆测序,通过ExPASy计算pMMO三个亚基的理论分子量.筛选到了一株甲基孢囊菌Methylocystis sp.JTC3,在三氯乙烯(TCE)初始浓度为15.64 μmol/L条件下,反应5d后降解率可达93.79％.经扩增、测序、拼接得到了3 227 bp的pmoCAB基因簇序列,包括771 bp的pmoC基因、759 bp的pmoA基因、1 260 bp的pmoB基因和2个非编码中间序列,所对应γ、β、α亚基理论分子量分别为29.1 kDa、28.6 kDa和45.6 kDa.通过Blast比对发现Methylocystis sp.JTC3的pmoCAB基因簇序列与Methylocystis sp.strain M的pmoCAB一致性较高,其中pmoA的序列相对保守.JTC3菌株可高效降解TCE,对pmoCAB基因簇序列的详细分析可为pMMO活性中心特征、氯代烃类底物选择性等方面的深入研究提供信息数据基础.
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关键词
甲烷氧化菌三氯乙烯pmoCAB基因簇16S rDNA系统发育树methanotroph trichloroethylene pmoCAB gene cluster 16S rDNA phylogenetic tree
栏目名称
研究报告
DOI
10.13345/j.cjb.140279
发布时间
2015-01-22
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