换一批HCV NS3/4A蛋白酶与Faldaprevir类似物的分子识别机制及其复合物运动模式
Molecular recognition mechanism and motion of HCV NS3/4A protease with Faldaprevir analogue
摘要Faldaprevir类似物(Faldaprevir analogue molecule,FAM)能有效抑制HCV NS3/4A蛋白酶的催化活性,是一种潜在抗HCV先导化合物.通过生物信息学统计分析了已报道的HCV NS3/4A蛋白酶晶体结构,得到了FAM-HCV NS3/4A蛋白酶晶体结构.对FAM-HCV NS3/4A蛋白酶复合物进行了20.4 ns的分子动力学模拟,重点从氢键和结合自由能两个角度分析了二者分子识别中的关键残基及结合驱动力.氢键和范德华力是促使FAM特异性结合到蛋白V132-S139、F154-D168、D79-D81和V55的活性口袋中的主要驱动力,这与实验数据较为吻合.耐药性突变实验分析了R155K、D168E/V和V170T定点突变对FAM分子识别的影响,为可能存在的FAM耐药性提供了分子依据.最后,用自由能曲面和构象聚类两个方法探讨了体系的构象变化,给出体系的4种优势构象,为后续的基于HCV NS3/4A蛋白酶结构的Faldaprevir类似物抑制剂分子设计提供一定的理论帮助.
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关键词
HCV NS3/4A蛋白酶Faldaprevir类似物分子分子动力学模拟结合自由能构象变化HCV NS3/4A proteaseFaldaprevir analogue moleculemolecular dynamics simulationbinding free energyconformational change
医学主题词
蛋白(Egg White)象(Elephants)自由(Freedom)分子动力学模拟(Molecular Dynamics Simulation)晶体(Lens, Crystalline)
栏目名称
DOI
10.13345/j.cjb.150382
发布时间
2016-08-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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