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GoPipe:批量序列的Gene Ontology注释和统计分析

GoPipe: Streamlined Gene Ontology Annotation for Batch Anonymous Sequences With Statistics

二维码有效期 120s

摘要随着后基因组时代的到来,批量的测序,特别是EST的测序,逐渐成为普通实验室的日常工作.这些新的序列往往需要进行批量的Gene Ontology(GO)的注释及随后的统计分析.但是目前除了Goblet以外,并没有软件适合对未知序列进行批量的GO注释,而GoBlet因为具有上载量的限制,以及仅仅利用BLAST作为预测工具,所以仍有许多不足之处.开发了一个软件包GoPipe,通过整合BLAST和InterProScan的结果来进行序列注释,并提供了进一步作统计比较的工具.主程序接收任意个BLAST和InterProScan的结果文件,并依次进行文本分析、数据整合、去除冗余、统计分析和显示等工作.还提供了统计的工具来比较不同输入对GO的分布来挖掘生物学意义.另外,在交集工作模式下,程序取InterProScan和BLAST结果的交集,在测试数据集中,其精确度达到99.1%,这大大超过了InterProScan本身对GO预测的精确度,而敏感度只是稍微下降.较高的精确度、较快的速度和较大的灵活性使它成为对未知序列进行批量Gene Ontology注释的理想的工具.上述软件包可以在网站(http://gopipe.fishgenome.org/)免费获得或者与作者联系获取.

作者陈作舟 ^[1] 薛成海 ^[2] 朱晟 ^[1] 周丰丰 ^[3] XUEFENG BRUCE LING ^[4] 刘国平 ^[5] 陈良标 ^[6] 学术成果认领

作者单位浙江大学生命科学院,杭州,310029;中国科学院遗传与发育生物学研究所,北京,100080 ^[1] 中国科学院自动化研究所,北京,100080 ^[2] 中国科学技术大学计算机系,国家高性能计算中心,合肥,230027 ^[3] Tularik Inc., 1120 Veterans Blvd, South San Francisco, CA 94080, USA ^[4] School of Electronics, University of Glamorgan, Pontypridd CF37 1DL, UK ^[5] 中国科学院遗传与发育生物学研究所,北京,100080 ^[6]

关键词 Gene Ontology,功能基因组学,EST,BLAST,InterProScan,GOA Gene Ontology functional genomics EST BLAST InterProScan GOA

医学主题词基因组学(Genomics)工作(Work)软件(Software)预测(Forecasting)基因组(Genome)

分类号 Q811.4（生物工程学仿生学）

栏目名称

研究报告

DOI 10.3321/j.issn:1000-3282.2005.02.015

发布时间 2005-03-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）

基金项目

中国科学院项目（非规范项目）（30330080）