换一批miRNA与其靶mRNA的相互作用:绑定位点的质量与数量特征的整合计算分析
Computational Analysis of miRNA and Target mRNA Interactions: Combined Effects of The Quantity and Quality of Their Binding Sites
摘要miRNAs通过完全或不完全的碱基互补绑定到信使RNA(mRNA)上,通过抑制翻译或者直接导致mRNA降解的方式来调节靶基因的表达.为了研究miRNAs在转录水平上面的调控作用,两种人类基因组中组织特异的miRNAs(miR-1和miR-124)被转染到HeLa细胞中,微阵列(microarray)分析转染前后细胞中各基因mRNA表达水平变化情况的结果表明:动物基因组中靶基因与miRNAs不完全的碱基互补也会导致mRNA的直接降解.通过分析实验得到的mRNA表达水平变化数据,发现这相同miRNA的不同靶基因mRNA表达水平的下调倍数有着明显的差别,推测这些靶基因mRNA序列本身存在某些影响其受调节程度的因素.为此,提取和分析这些靶基因mRNA的序列特征,通过对这些序列特征与mRNA表达水平下调数据进行统计相关分析,最终发现,miRNA靶基因受调节的程度与以下几个因素相关联:mRNA序列中miRNA靶位点的个数,靶位点与miRNA序列碱基互补的程度,以及绑定后形成二级结构的稳定程度(即最低自由能的大小).在此基础上,初步建市起一个多因子作用下的miRNA靶基因mRNA表达水平下调程度模型,分析表明:该模型在一定程度上可以反映了部分序列特征对于miRNA靶基因mRNA表达水平下调程度的影响.
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栏目名称
DOI
10.3724/SP.J.1206.2008.00524
发布时间
2009-06-12（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
a grant from The National Natural Science Foundation of China（(30571037, 30770445)国家自然科学基金资助项目(30571037,30770445)）
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