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基于量子进化算法的RNA序列-结构比对

RNA Sequence-structural Alignment Based on Quantum Evolutionary Algorithm

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学术成果认领

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摘要多序列比对是计算分子生物学的经典问题,也是许多生物学研究的重要基础步骤.RNA作为生物大分子的一种,不同于蛋白质和DNA,其二级结构在进化过程中比初级序列更保守,因此要求在RNA序列比对中不仅要考虑序列信息,更要着重考虑二级结构信息.提出了一种基于量子进化算法的RNA多序列-结构比对程序,对RNA序列进行了量子编码,设计了考虑进结构信息的全交叉算子,提出了适合于进行RNA序列-结构比对的适应度函数,克服了传统进化算法收敛速度慢和早熟问题.在标准数据库上的测试,证实了方法的有效性.

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作者赵英杰 ^[1] 王正志 ^[1] 学术成果认领

作者单位国防科技大学机电工程与自动化学院自动化所,长沙,410073 ^[1]

关键词 RNA多序列结构比对二级结构量子进化算法全交叉算子适应度函数

主题词算法(Algorithms)序列比对(Sequence Alignment)分子生物学(Molecular Biology)生物学(Biology)研究(Research)

分类号 TP301

栏目名称

技术与方法

DOI 10.3724/SP.J.1206.2009.00047

发布时间 2009-11-06

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生物化学与生物物理进展

生物化学与生物物理进展

2009年36卷9期

1222-1228页

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