换一批一种基于基因表达模型识别酵母细胞周期条件特异调控子网的方法
A Novel Method to Identify The Condition-specific Regulatory Sub-network That Controls The Yeast Cell Cycle Based on Gene Expression Model
摘要由高通量微阵列技术产生的数据集可以用于解释生物系统基因调控的未知机制.生物过程是动态的,所以很有必要关注某些条件下特异的基因调控子网络.细胞周期是一个基本的细胞过程,识别酵母的细胞周期特异调控子网是理解细胞周期过程的基础,并且有助于揭示其他细胞条件的基因调控机理.使用一个基因表达微分方程模型(GEDEM),从静态网络中识别了动态的细胞周期相关调控关系.与已经报道的细胞周期相关调控相互作用相比,该方法识别了更多的真实存在的条件特异调控关系,取得了比当前的方法更好的性能.在大数据集上,GEDEM识别了具有高敏感性和特异性的调控子网.组合调控的深入分析显示,条件特异调控子网的转录因子之间的相关性呈现出比静态网络中转录因子相关性更强,这说明条件特异网络比静态网络更加接近真实情况.另外,GEDEM方法还识别更多潜在的共调控转录因子.
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关键词
基因调控网络细胞周期基因表达模型条件特异子网微分方程模型gene regulatory networkcell cyclegene expression modelcondition-specific sub-networkdifferential equation model
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DOI
10.3724/SP.J.1206.2009.00581
发布时间
2010-06-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家重点实验室开放基金（SKLP-O200811）
国家自然科学基金（60603054）
国家重点基础研究发展计划（973计划）（973;2006CB910706）
国家高技术研究发展计划（863计划）（863;2006AA02A312）
国家科技重大专项（2008ZX10002-016）
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