换一批基于转录组测序数据识别黑猩猩RNA编辑位点
Identification of RNA Editing Sites in Chimpanzee by Transcriptome-wide Sequencing Data
摘要使用转录组测序(RNA-Seq)数据识别黑猩猩RNA编辑位点,探索了RNA编辑的识别机制以及潜在的功能影响.基于黑猩猩RNA-Seq数据与基因组序列的比对信息发现RNA-DNA错配位点,并构建编辑位点候选集.从中滤除基因组或转录组测序质量低的位点,其他的过滤条件包括3’端测不准、覆盖度、SNP位点以及估算的编辑水平.构建二项分布统计模型和Bonferroni多重检验滤除候选集中的随机错误,得到RNA编辑位点.选取落在已知基因上的编辑位点进行功能分析,并用Two Sample Logo软件分析编辑位点上下游序列的特征.识别出黑猩猩12种碱基替换型RNA编辑位点8 334个,其中有41个编辑位点改变原有的氨基酸,另有3个编辑位点落在microRNA(miRNA)潜在靶基因的种子结合区.统计学分析表明,分别有640和872个RNA编辑位点存在组织和性别差异.上下游碱基频率分析表明,多种类型的编辑位点紧邻碱基具有显著偏好.结果显示,RNA编辑在黑猩猩体内大量存在,且潜在具有重要的生物学功能,为进一步深入研究灵长类RNA编辑的机制奠定了基础.
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10.3724/SP.J.1206.2011.00328
发布时间
2012-07-13（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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