换一批紫外交联合并串联亲和纯化高效鉴定蛋白复合物组分的RNA结合活性
Efficient Assay of The RNA-binding Activities in a Protein Complex by UV Cross-linking and Tandem Affinity Purification
摘要RNA结合蛋白在RNA的生成与代谢中发挥着重要作用.我们在近年报道的PAR-CLIP (photoactivatableribonucleoside-enhanced crosslinking and immunoprecipitation)技术的基础上建立了一套快速、有效鉴定RNA结合蛋白的实验方法:以串联亲和纯化替代一步免疫沉淀获得高纯度蛋白-RNA复合物;将Sypro Ruby蛋白染色与RNA放射自显影相结合判断复合物中哪种或哪些组分为RNA结合蛋白,该方法命名为紫外交联合并的串联亲和纯化(cross-linking and tandem affinity purification,CLiTAP).运用该方法对布氏锥虫的三种锌指蛋白ZC3H7、ZC3H34和ZC3H5进行分析,发现ZC3H7作为帽结合蛋白复合物的核心组分具有很强的RNA结合能力;ZC3H34结合RNA能力较弱,但其互作蛋白具有强的RNA结合活性;相比之下,ZC3H5及其复合物组分皆无RNA结合活性.这些结果表明,CLiTAP与蛋白质鉴定方法相结合,能够有效鉴定靶蛋白复合物中的RNA结合蛋白种类,也为进一步定位RNA结合位点、研究RNA结合蛋白的结构及作用机制奠定了基础.
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关键词
紫外交联串联亲和纯化RNA结合蛋白布氏锥虫CCCH型锌指蛋白UV cross-linking tandem affinity purification RNA binding protein Trypanosoma brucei CCCH-type zinc-finger protein
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DOI
10.3724/SP.J.1206.2014.00021
发布时间
2014-07-31（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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