DRSP:蛋白质单残基替换结构数据库

DRSP: a Structural Database for Single Residue Substitutions in PDB

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摘要蛋白质残基替换是基因突变的产物之一,它可能改变蛋白质三维结构,对其生物学功能产生重大影响,因此研究蛋白质残基替换与结构改变的关系具有重要意义.随着实验解析蛋白质结构的数量迅猛增长,越来越多的野生型-突变体被应用于结构生物学的比较研究中.本研究从蛋白质三维结构数据库(PDB)出发,收集和计算了大量结构特征数据,构建了一个目前已知最大的野生型-突变体(单残基差异)的结构对数据库DRSP,展示出氨基酸类型和主链偏好性对结构保守性的相关性.DRSP的开放使用可为高精度的蛋白质结构分析预测提供有用信息,它的数据库网址是http://www.labshare.cn/drsp/index.php.

作者刘继龙 ^[1] 苗智超 ^[2] 李雷 ^[1] 肖智雄 ^[1] 曹洋 ^[1] 学术成果认领

作者单位四川大学生命科学学院,生物资源与生态环境教育部重点实验室,生长代谢衰老研究中心,成都,610064 ^[1] Architecture and Reactivity of the RNA,University of Strasbourg, Institute of Molecular and Celluar Biology of CNRS 67000 Strasbourg France ^[2]

关键词数据库蛋白质残基替换主链柔性蛋白质结构预测蛋白质设计 database protein residue substitution backbone flexibility protein structure prediction protein design

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研究报告

DOI 10.16476/j.pibb.2016.0056

发布时间 2016-09-06