换一批基于有序条件互信息和有限父结点构建基因调控网络
Inferring Gene Regulatory Networks Based on Ordered Conditional Mutual Information and Limited Parent Nodes
摘要基因调控网络重建是功能基因组研究的基础,有助于理解基因间的调控机理,探索复杂的生命系统及其本质.针对传统贝叶斯方法计算复杂度高、仅能构建小规模基因调控网络,而信息论方法假阳性边较多、且不能推测基因因果定向问题.本文基于有序条件互信息和有限父结点,提出一种快速构建基因调控网络的OCMIPN算法.OCMIPN方法首先采用有序条件互信息构建基因调控相关网络;然后根据基因调控网络拓扑先验知识,限制每个基因结点的父结点数量,利用贝叶斯方法推断出基因调控网络结构,有效降低算法的时间计算复杂度.人工合成网络及真实生物分子网络上仿真实验结果表明:OCMIPN方法不仅能构建出高精度的基因调控网络,且时间计算复杂度较低,其性能优于LASSO、ARACNE、ScanBMA和LBN等现有流行算法.
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关键词
基因调控网络贝叶斯网络模型有序条件互信息有限父结点因果定向gene regulatory networkBayes network modelordered conditional mutual informationlimited parent nodescausality orientation
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DOI
10.16476/j.pibb.2016.0367
发布时间
2017-07-04（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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