换一批原核生物基因组肽编码sORFs分布及功能特征
Sequence and Function Analysis of Peptide Coding Small Open Reading Frames in Prokaryotic Genomes
摘要近期,从非编码RNA中发现具有肽编码能力的小开放阅读框(sORFs),激发了人们对这种长期被忽略的基因组元件的研究兴趣,sORFs迅速成为当前重点研究领域.由于表达水平及丰度低、序列短等因素,对肽编码sORFs的有效研究方法及数据资源还很缺乏,现有研究仅集中在少数真核模式生物,对自然界中广泛存在的原核生物研究非常少,肽编码sORFs的发现为目前精准背景下的基因组注释提出严峻挑战.在此背景下,本文首先系统研究了80余种不同类型原核生物中长度小于100个氨基酸的肽编码sORFs分布及功能特征,并对不同长度区间sORFs的序列组成、分布及进化特征进行了对比分析.结果表明,肽编码sORFs在原核生物基因组普遍存在,随着序列长度的降低,其序列复杂度降低,行使的生物功能也相对集中.在此基础上,进一步结合当前肽编码sORFs研究现状,深入总结了肽编码sORFs研究存在的问题及挑战,为今后肽编码sORFs研究奠定了坚实理论基础.
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栏目名称
DOI
10.16476/j.pibb.2017.0109
发布时间
2018-03-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（61771093,61671107）；
山东省自然科学基金重点项目(ZR2016JL027)资助.This work was supported by grants from The National Natural Science Foundation of China（61771093,61671107）；
Shandong Natural Science Foundation（ZR2016JL027）
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